巴氏杀菌和高温杀菌的区别是：处理方式不同、营养保留不同、保存时间不同、保存环境不同。
1、处理方式不同。巴氏杀菌的温度一般控制在60摄氏度到82摄氏度之间，保持二三十分钟，随后降低温度，通过冷热变化法杀菌。而高温杀菌的温度一般在135摄氏度以上，利用超高温杀菌。
2、营养保留不同。巴氏杀菌使用低温法，更有利于保存营养物质，而高温杀菌法使用较高温度，容易造成营养流失。
3、保存时间不同。巴氏杀菌保质期比较短，一般为3-10天。而高温杀菌能保存3-6个月。
4、保存环境不同。巴氏杀菌的食物需要保存于低温的环境中，建议放入冰箱中。而高温杀菌后的食物可以常温保存。