一，贷款利率不同。商业贷款的基准利率是百分之四点九，公积金贷款五年以上的基准利率是百分之三点二五，二，贷款比例不同，同样的一套房子商业贷款，如果说是首套能贷七成，那么纯公积金贷款首套最多可以贷到八成 。三，贷款流程不同。商业贷款要在办理过户之前审核贷款，公积金贷款是在办理过户了之后再审核贷款。四，审核时间不同。商业贷款大约需要二十个工作日。而公积金贷款大约需要四十个工作日，商业贷款快于公积金贷款。
五，贷款来源不同。商业贷款放款源头是来自于商业银行等，放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款则是公积金缴费者缴纳的资金。六，使用人群不同商业房贷针对所有符合条件条件的社会公众开放，而公积金贷则只针对于公积金缴纳者开放。七，利息用途不同。商业房贷款的利息是商业行为的盈利，归相关的投资人，而公积金利息则是有规定的用途，只能够用于保障性住房的建设。