申请破产后还有债务的应当由破产财产进行偿还，债务人的破产财产在优先清偿破产费用和共益债务之后应当根据法律规定的顺序进行清偿，首先是所欠的职工工资等。一、公司破产是否会优先偿还抵押权人。破产清算后，破产财产不会优先偿还抵押权人。破产清算后，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，保险费用以及法律、行规规定应当支付给职工的补偿金；所欠税款；普通破产债权。二、破产财产分配原则和顺序是什么呢。破产财产分配原则如下：1.优先清偿破产费用和共益债务的原则。2.按法定顺序清偿原则。3.破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按比例分配原则。4.破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按该企业职工的平均工资计算的原则。