(一)启动程序不同；医疗技术鉴定是由属地的卫生行政部门委托启动鉴定程序，解决是否属于医疗事故的问题，是否赔偿调解问题。医疗技术鉴定可由双方当事人共同委托启动鉴定程序，双方当事人共同委托的鉴定属于自行鉴定。司法鉴定是于行政鉴定和自行鉴定之外的一种鉴定，由双方当事人共同申请，由法官启动。(二)鉴定人员组成不同。医疗鉴定人员由属地省级医学会组建省级医学专家库，地市级医学会组建属地的市级医学专家库，鉴定人员是医学专家。司法鉴定人员是由司法机构的法医主持鉴定，聘请临床医学专家参与。(三)鉴定的组织者不同。医疗鉴定由属地的医学会负责组织，并承担鉴定事务，司法鉴定组织者是属地的司法鉴定机构。(四)鉴定的内容与目的有不同。