(一)启动程序不同
医疗技术鉴定是由属地的卫生行政部门委托启动鉴定程序，解决是否属于医疗事故的问题，是否赔偿调解问题。医疗技术鉴定可由双方当事人共同委托启动鉴定程序，双方当事人共同委托的鉴定属于自行鉴定。司法鉴定是于行政鉴定和自行鉴定之外的一种鉴定，由双方当事人共同申请，由法官启动。
(二)鉴定人员组成不同
医疗鉴定人员由属地省级医学会组建省级医学专家库，地市级医学会组建属地的市级医学专家库，鉴定人员是医学专家。司法鉴定人员是由司法机构的法医主持鉴定，聘请临床医学专家参与。
(三)鉴定的组织者不同
医疗鉴定由属地的医学会负责组织，并承担鉴定事务，司法鉴定组织者是属地的司法鉴定机构。
(四)鉴定的内容与目的有不同
医疗鉴定多注重是否属于医疗事故的认定，司法鉴定重在解决医疗行为是否有过错，这种过错与损害后果是否有因果关系。
(五)鉴定的监督机制不同
医疗鉴定的监督：一是由属地的医学会对鉴定专家进行资格审查，二是属地卫生局对专家出具的鉴定文书进行审查，三是属地的上级卫生行政部门再次组织鉴定。司法鉴定的监督主要是属地的行政监督和司法监督。
一、申请医疗事故鉴定的费用
委托医学会进行医疗事故技术鉴定，应当按规定缴纳鉴定费。若双方当事人共同委托医疗事故技术鉴定的，由双方当事人协商预先缴纳鉴定费。卫生行政部门移交进行医疗事故技术鉴定的，由提出医疗事故争议处理的当事人预先缴纳鉴定费。经鉴定属于医疗事故的，鉴定费由医疗机构支付；经鉴定不属于医疗事故的，鉴定费由提出医疗事故争议处理申请的当事人支付。县级以上地方卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，对需要移交医学会进行医疗事故技术鉴定的，鉴定费由医疗机构支付。重新鉴定时不得收取鉴定费。
具体的收费标准是，参加鉴定的医学专家在7人以上（含7人）的，按首次（市级）鉴定2200元／例次，（省级）鉴定3200元／例次收取；专家在7人以下的，按首次（市级）鉴定1700元／例次，（省级）鉴定2200元／例次。
【本文关联的相关法律依据】
《医疗事故处理条例》第二十二条规定，当事人对首次医疗事故技术鉴定结论不服的，可以自收到首次鉴定结论之日起15日内向医疗机构所在地卫生行政部门提出再次鉴定的申请。
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