社保和农村合作医疗的区别有。1、针对的人群不同。（1）城镇居民基本医疗保险即社保，覆盖范围是具有非农业户籍、不在城镇职工基本医疗保险覆盖范围的城镇居民。（2）而新农合针对的人群是农村户口的人群。2、系统管理不同。（1）新农合是卫生局的业务。（2）而城镇医保属于社保系统管。3、筹资水平不同，报销比例也有区别。（1）城镇职工医保范围内住院费用报销比例达80%以上。（2）城镇居民医保和新农合范围内住院费用报销比例分别达70%左右和75%左右。4、保障期限不同。（1）农村合作医疗保险是交一年保一年。（2）社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。5、报销上的差别。（1）新农合参合农民的个人账户的钱，目前可以在自己县区的基层医疗机构使用，却没办法像医保卡一样随时刷卡。