社保和农村合作医疗的区别有：
1、针对的人群不同：
（1）城镇居民基本医疗保险即社保，覆盖范围是具有非农业户籍、不在城镇职工基本医疗保险覆盖范围的城镇居民；
（2）而新农合针对的人群是农村户口的人群。
2、系统管理不同：
（1）新农合是卫生局的业务；
（2）而城镇医保属于社保系统管。
3、筹资水平不同，报销比例也有区别：
（1）城镇职工医保范围内住院费用报销比例达80%以上；
（2）城镇居民医保和新农合范围内住院费用报销比例分别达70%左右和75%左右。
4、保障期限不同：
（1）农村合作医疗保险是交一年保一年；
（2）社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇.
5、报销上的差别：
（1）新农合参合农民的个人账户的钱，目前可以在自己县区的基层医疗机构使用，却没办法像医保卡一样随时刷卡；
（2）而城镇医保是在各个区域方便，可随时报销，如果跨区域看病的话，还需先到医保部门备案，自费后再报销。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第七条
社会保险行政部门负责全国的社会保险管理工作，其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的社会保险工作。
县级以上地方社会保险行政部门负责本行政区域的社会保险管理工作，县级以上地方其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的社会保险工作。
第
社会保险经办机构提供社会保险服务，负责社会保险登记、个益记录、社会保险待遇支付等工作。
