1、投保对象不同：新农合的投保对象是农民，新农合的全称是新型农村合作医疗保险，也就是农村医保，农村户口的人员可以缴纳新农合，新农合以年为单位来缴纳；职工医保的投保对象是在城市工作的职工，在公司上班，公司都会按照国家的规定为在职员工缴纳五险，五险其中就包含了医疗保险，职工医疗保险是医保中缴费最高的，报销的比例也非常高。2、缴纳的方式不同。职工医保需要每月缴纳，属于强制缴纳的保险，由用人单位来缴纳。新农合是一年只需要缴纳一次即可，并不需要每月都缴纳。3、缴纳的时间不同。如果职工医保出现断缴，一般是可以进行补缴的。如果新农合错过了缴纳的时间，不可以进行补缴，那么在第2年不可以享受到医疗保险。