1、投保对象不同：新农合的投保对象是农民，新农合的全称是新型农村合作医疗保险，也就是农村医保，农村户口的人员可以缴纳新农合，新农合以年为单位来缴纳；职工医保的投保对象是在城市工作的职工，在公司上班，公司都会按照国家的规定为在职员工缴纳五险，五险其中就包含了医疗保险，职工医疗保险是医保中缴费最高的，报销的比例也非常高。
2、缴纳的方式不同。职工医保需要每月缴纳，属于强制缴纳的保险，由用人单位来缴纳。新农合是一年只需要缴纳一次即可，并不需要每月都缴纳。
3、缴纳的时间不同。如果职工医保出现断缴，一般是可以进行补缴的。如果新农合错过了缴纳的时间，不可以进行补缴，那么在第2年不可以享受到医疗保险。
4、缴纳的费用不同。职工医保会参考当地职工上年度平均工资来进行计算，缴纳的费用远高于新农合。2022年湖北地区缴纳新农合，每年的费用是320元，每个地区关于新农合缴费规则都不同，以实际情况为准。
5、报销的比例不同。职工医保报销的比例比较高，通常可以报销到70%以上。而新农合报销的比例比较低，最高报销不得超过50%。
新农合全称叫做新型农村合作医疗，是给农村居民提供医疗保险的医保，农民缴纳费用，一旦生病了就可以用新农合进行报销。新农合以年为单位来缴纳，每年缴纳的费用是300元。
生病住院产生的医疗费用可以比例报销，就连小感冒到当地卫生院就诊都可以报销，但是在社保卡中的报销额度为零后，门诊费用不可再报销，次年1月1日后可以继续使用。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
