真核基因主要分为细胞核基因和细胞质基因，依据是在细胞核内还是在细胞质内。细胞质基因进一步细分为线粒体基因和叶绿体基因，而细胞核基因则指细胞核内染色体上的基因。真核基因组结构庞大，哺乳动物基因组DNA由约3×109 bp的核苷酸组成，大约有十多万个基因，其余80％～90％的基因组可能没有直接的遗传学功能，这与原核生物截然不同。真核基因的转录产物为单顺反子，即一个编码基因转录生成一个mRNA分子，经翻译生成一条多肽链。重复序列及基因重组与生物进化有关，某些重复序列发生在区，如转录终止区、衰减区及某些酶或蛋白因子结合位点，则可能对DNA复制、转录具有重要意义。