真核基因主要分为细胞核基因和细胞质基因，依据是在细胞核内还是在细胞质内。细胞质基因进一步细分为线粒体基因和叶绿体基因，而细胞核基因则指细胞核内染色体上的基因。
真核基因组结构庞大，哺乳动物基因组DNA由约3×109 bp的核苷酸组成，大约有十多万个基因，其余80％～90％的基因组可能没有直接的遗传学功能，这与原核生物截然不同。
真核基因的转录产物为单顺反子，即一个编码基因转录生成一个mRNA分子，经翻译生成一条多肽链。重复序列及基因重组与生物进化有关，某些重复序列发生在区，如转录终止区、衰减区及某些酶或蛋白因子结合位点，则可能对DNA复制、转录具有重要意义。
真核结构基因两侧存在不被转录的非编码序列，往往是基因表达的区。在编码基因内部尚有一些不为蛋白质编码的间隔序列，称内含子，而编码序列称外显子，因此真核基因是不连续的。不同剪接方式可形成不同的mRNA，翻译出不同的多肽链，因此转录后的剪接过程是真核基因表达的另一重要环节。
基因对内、外环境信号刺激的反应性不同，基因表达方式存在很大差异。管家基因是指某些基因产物对生命全过程都是必需的或必不可少，这类基因在一个生物个体的几乎所有细胞中持续表达。
可诱导基因在特定环境信号刺激下被激活，基因表达产物增加，这种基因是可诱导的。诱导是指可诱导基因在特定环境中表达增强的过程。可阻遏基因在特定环境信号刺激下对环境信号应答时被抑制，这种基因是可阻遏的。阻遏是指可阻遏基因表达产物水平降低的过程。
可诱导或可阻遏基因除受到启动序列或启动子与RNA聚合酶相互作用的影响外，还受其他机制调节。诱导和阻遏是同一事物的两种表现形式，在生物界普遍存在，也是生物体适应环境的基本途径。乳糖操纵子机制是认识诱导和阻遏表达的典型模型。
协调表达是指在一定机制控制下，功能上相关的一组基因，无论其为何种表达方式，均需协调一致、共同表达，即协调调节。
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