结构域是介于二级和三级结构之间的一种结构层次，是蛋白质三级结构的基本结构单位。所谓结构域是指蛋白质中由不同二级结构和超二级结构组合而成的的稳定结构区域。结构域也是蛋白质功能单元。在多结构域蛋白质中，不同的结构域常常与不同的功能相联系。