董允小的时候，跟随父亲董和从荆州南郡搬迁到益州。后来，董允在益州牧刘璋手下为官。刘备夺得益州后，继续任用董允，还任命他为太子舍人。刘禅即位后，董允与费祎同为黄门侍郎。诸葛亮北伐在外时，董允负责在宫中辅佐君主，维护蜀汉后方的稳定。董允为人恪守正直，礼贤下士，所以后来他又被加封为辅国将军。大司马蒋琬病重后，董允以侍中兼尚书令的身份，协助大将军费祎代理军国大事。公元246年，董允在成都去世。
董允为官一生两袖清风，淡泊名利，政绩显著。他去世后，蜀汉人民都表示惋惜。