第二层是国家重点建设大学，包括北京理工大学、北京师范大学、复旦大学等9所学校。
第三层是985一期工程大学，包括北京航空航天大学等除了前两个层次的23所大学。
第四层是985二期工程大学，包括国防科学技术大学、中国农业大学、民族大学、西北农林科技大学、华东师范大学5所大学。
第五层是部级211一期工程，包括北京交通大学等37所学校。
第六层是部级211二期工程，包括东北林业大学等8所学校。
第七层是省级211一期工程，包括安徽大学等23所学校。
第八层是省级211二期工程，是郑州大学。
第九层是省级211三期工程，包括海南大学等5所学校。
第十层指教育部以前确定的全国重点建设的高校，现在其地位已经逐渐被211工程取替，以前是全国重点大学现在不是211工程大学的学校目前包括大庆石油学院等10所学校。
第十一层省部共建高校，即教育部分别与中西部地区无教育部直属高校的12个省（区）各共建1所地方高校的省（区）部共建规划。
而井冈山大学、延安大学等因为特殊的政治地域等原因，被纳入到省部共同重点支持高校序列，列为第十二层次。
其它部委属院校被列为第十三层次，如外交部、国家民委等所属的高校。
第十四层的56所转制院校是指原来由国家各部委管理的高校转为由地方管理的高校。
剩余的422所普通本科院校被列为第十五层次，它们是中国高等教育的重要组成部分。
学院、民学院，把它们列为第十六层次。
第十七层次是民。
第十八层次国家首批示范性高职院校，包括长春汽车工业高等专科学校等28所学校。
第十九层次国家第二批示范性高职院校，包括安徽水利水电职业技术学院等42所学校。
第二十层次国家第三批示范性高职院校，包括包头职业技术学院等30所学校。
第二十一层次国家拟培育示范性高职院校，包括安徽机电职业技术学院等8所学校。
第二十二层次公办高职院校共804所
第二十三层次民办高职院校共260所。