个税残疾证人员系统不会自动减税或免税，并通过填写减税或免税项目的详细信息生成减税信息。持有民政部门、残疾人联合会有效证件的残疾人，符合条件的，可以享受减免个人所得税的待遇。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第五条，有下列情形之一的，可以减征个人所得税，具体幅度和期限，由省、自治区、直辖市规定，并报同级人民代表大会常务委员会备案：
(一)残疾、孤老人员和烈属的所得；(二)因自然灾害遭受重大损失的。可以规定其他减税情形，报全国人民代表大会常务委员会备案。
残疾人缴纳个人所得税的计算方式？
根据《北京市财政局北京市地方税务局关于残疾、孤老人员和烈属的所得减征个人所得税问题的通知》(北京财税[2006]947号)：持有区县以上民政部门、残联有效证件或证明的烈属、孤寡老人和残疾人取得的下列所得，分别享受减免个人所得税的优惠：
1、个人取得的工资、薪金所得；稿酬所得；劳务报酬所得；特许权使用费所得，按应纳税额减征个人所得税50%。
2、从事生产、经营的个人取得生产、经营的个体工商户，按应纳税额减征100%的个人所得税。
3、个体工商户对从事生产、经营的个人取得的生产、经营收入，需要雇佣从业人员从事生产、经营，从业人员中残疾人比例超过30%的，按照应纳税额100%减征个人所得税。