不影响。只需要按照实际缴费的数额进行计算对账即可。医保基数不一样是正常的情况。医保基数的确定，应当是按照该职工上年度工资的月均值来计算的，但实际上，很多地区由于实行医保基数核定制，用人单位可以自主申报社保、公积金、医保基数，又由于三个部门是分别管理，所以有可能出现医保基数三个部门不一样的情况。