1、上海博物馆的主题以文物展品为主，而上海自然博物馆的主题以以自然科学为主。2、上海博物馆的藏品有青铜器、书法、陶瓷器、绘画等，品类丰富，而上海自然博物馆的藏品有有动植物标本等，品类较为单一。