1、二级主任科员对应正科级，级别分为二十六级至十八级，而三级主任科员对应副科级，级别分为二十三级至十七级。2、二级主任科员在行政机关中负责具体业务的管理和执行，而三级主任科员则主要负责部门的日常管理和协调。