南京南站离南京博物院有11.5公里。建议通过乘坐地铁或出租车的方式来往，可以从南京南站乘坐地铁3号线，在大行宫站换乘地铁2号线，然后在明故宫站下车，从1号口出站后步行约200米即可到达南京博物院，用时约为40分钟。从南京南站直接打车到南京博物院，用时约为30分钟。