1、分析方法不同。在统计分析中，因子变量用于进行方差分析、卡方检验等非参数检验方法，而协变量用于进行回归分析、方差分析中的covariate分析等方法。2、模型假设不同。在线性模型中，协变量用于控制其他变量对因变量的影响，从而且得到更准确的关系模型，因子变量则用于检验不同因素对因变量的作用是否显著，并进行比较。