1、地理位置不同：巴音布鲁克位于北部，地处阿勒泰山脉南麓，而巴音郭楞则位于西北部，东临哈密市、西邻伊犁州、南接阿克苏地区、北连蒙古国。2、行政级别不同：巴音布鲁克是维吾尔自治区下辖的一个县级市，而巴音郭楞则是维吾尔自治区下辖的一个地级市，相当于县级市的行政级别。