工程质量有争议时，发包人可从质量保证金中扣除维修费用，缺陷责任期满后，剩余保证金应返还承包人。质保金返还应在14天内核实并支付，逾期支付应支付利息和承担违约责任。工程质保期根据国家规定，不同项目有不同保修期限，质检单位的检验结果应作为判断质量是否合格的依据。对于不予返还质保金的情况，应根据合同约定处理。法律分析；一、工程质量有争议质量保证金如何处理。发包人可以从保证金中扣除相关费用进行维修。缺陷责任期满时，承包人向发包人申请到期应返还承包人剩余的质量保证金金额，发包人应在14天内会同承包人按照合同约定的内容核实承包人是否完成缺陷责任。如无异议，发包人应当在核实后将剩余保证金返还承包人。