酶纯化研究需要做好提取和分离还有结晶酶元素，而且酶元素在提取和分离的过程中容易和其他物质混在一起，所以酶的纯化研究工作量大。酶分离纯化的最终目的是获得单一纯净的酶，因此，容许在不破坏“目的酶”的限度内，使用各种手段；酶与底物和抑制剂的结合常使其理化性质和稳定性发生改变。