夫妻分居三年了，不可以自动离婚。我国的离婚方式分为协议离婚和诉讼离婚，夫妻双方分居三年，并且对离婚事宜达成协议的，双方可以选择协议离婚，直接去婚姻登记机关办理离婚登记，领取离婚证；对离婚事项协商不成的，应当选择诉讼离婚，去人民提起离婚诉讼，然后由人民对婚姻关系作出判决，人民审理后，发现感情确已破裂的，在调解无效后，会判决离婚。【本文关联的相关法律依据】。《中华人民共和国民法典》。第一千零七十六条 夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。