1、税率结构不同：综合所得税是根据全年收入总额进行计算的，税率分档逐级递增。而财产转让所得税率则是根据财产转让收入总额进行计算的，税率为固定比例。2、税法规定不同：财产转让所得可能享有特殊的税收优惠，例如减免、免税或者延迟征收等。3、不同的税前扣除额度和免税额：财产转让所得可以享受更高的税前扣除额度和免税额度，这可能会导致财产转让所得税率低于综合所得税率。