1、土地所有权问题。我国农村大多数农民没有明晰集体土地所有权主体和使用权主体，确定收费的主体和分配方式可能会引发争议和纠纷。2、收费标准制定。收费标准的制定需要考虑到农村经济状况、土地质量、地理位置等因素，较为复杂，有较大困难。3、农民接受度。有些农民可能会对农村新增地源收费抱有抵触情绪，导致收费难以顺利实施。