1、所在地区不同：杭州西站，在余杭区，杭州东是指火车东站，在江干区。2、主要路线不同：杭州东站是沪昆铁路，宣杭铁路，萧甬铁路，沪昆高速铁路，宁行高速铁路；杭州西站是武杭，杭黄，商合杭。