客运来说西站是终端，南京始发的车（Z50次除外）均由西站开出再至南京站。东站已经不做客运，但还是有一班通勤车每天从西站开至东站。南站仍在使用，铁路是从东站向南开，绕过紫金山至雨花台。就全国线路来说南京是京沪线、宁芜线、宁启线和未来宁合线的枢纽。