辞职后公司没有权利扣留档案。《中华人民共和国劳动法》第50条规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。所以，用人单位无权扣留离职员工的档案。