1、二者适用条件对比。小额诉讼作为简易程序的特别规定，其除了在标的额上有所限定外，其他条件均应符合适用简易程序的条件。即事实清楚、权利义务关系明确、争议不大的简单民事案件。支付令是债权人与债务人没有其他债务关系，且支付令能够送达债务人的债权人请求债务人给付金钱、有价证券的案件。下面就具体条件进行阐述。2、二者的启动程序不同。小额诉讼程序是审判程序的一种，具体来说是简易程序的特别规定，因此，对于小额诉讼需当事人提起诉讼，然后依据适用小额诉讼的标准的来衡量案件是否能适用该程序。支付令是督促程序，具有非讼性，没有对立的当事人参加诉讼。新民诉法除了规定当事人主动申请外，还增加了对受理的案件，当事人没有争议，符合督促程序规定条件的，可以依职权转入督促程序这一途径。