从整体形态上看，母金头闭壳龟与公龟相比较，要更圆一点，更宽一点，公龟则要更瘦一点。其次，从腹部来看，母龟的腹甲会比较平坦，而公龟的则会有凹陷部分。再次，从尾巴处进行比较，公龟的明显更短更粗。最后，从泄殖孔的位置和形状来看，公龟的距离腹部较远，母龟的距离腹部较近。