爱斯基摩犬和萨摩耶在体型、嘴部形状、脖子上的毛发、眼睛和耳朵等方面存在差异。爱斯基摩犬比萨摩耶小，嘴部又宽又平而较短，脖子上有环状毛发，眼睛较圆，耳朵较大。萨摩耶则身材较大，嘴部较厚，没有环状毛发，眼睛呈杏仁状，耳朵小巧。爱斯基摩犬的身高分为小、中、大型三类，而萨摩耶则成年雄性犬的身高为53至60CM，成年雌性犬是48至53CM。两者毛发也存在差异，爱斯基摩犬的外层毛发直而不卷，萨摩耶则既粗又长。