孔雀鱼公母是否分开要根据具体情况而定。对于成年的孔雀鱼来说，要将公鱼和母鱼分开养，防止公鱼吃母鱼产下的小鱼。不过，对于刚刚孵化出来的、年龄还没有到一个月的小鱼来说，公母是无法区分，不用分开。所以，在幼鱼阶段的时候可以养在一起，不过在养殖一个月时，可以区别公母之后，要分开养殖。