针对宠物耳朵的真菌感染，可以采取以下药物进行治疗。含有特比萘芬、伊曲康唑、酮康唑等成分的广谱抗真菌药物：这些药物可以杀灭真菌，起到治疗作用。碘伏：可以使用适量的碘伏擦拭宠物的耳朵，每天2-3次，起到消毒和杀灭真菌的作用。需要注意的是，在治疗过程中，需要避免过度清理，以免刺激到宠物的耳朵。此外，如果宠物耳朵的真菌感染较为严重，建议及时就医，以便得到更好的治疗。