迷你鹦鹉公母的区分可以从体型、鱼尾、头瘤和腹部膨胀程度入手。一般情况下，公鱼体型大于母鱼，大约为1.5倍至3倍，并更倾向于长方形。雄性鱼的鱼尾宽且扁平，而雌性鱼的鱼尾较壮且较长。头瘤也是一个区分标志，公鱼激素较多，特别是繁殖期时，攻击性增强，头瘤更为明显。通常最强势的一条或者势均力敌的2-3条公鱼可能会有头瘤凸起。此外，处于繁殖期的迷你鹦鹉鱼可以通过腹部膨胀程度来区分。