南京办理身份证流程如下：1、申领人带本人的居民户口簿，到户口所在地派出所申请补领第二代居民身份证。2、进行人像采集和指纹采集。3、缴纳工本费，在发放居民身份证登记表上签字并留下联系电话。4、在规定的领证时间内，申领人持凭证到派出所领取第二代居民身份证。