红面泥龟在幼年时难以区分雌雄，但通常在长度接近10厘米或饲养2-3天后可较明确地区分。可以从尾巴、泄殖孔位置和四肢来区分红面泥龟的雌雄。雄红面泥龟尾巴尖端有鳞片且较粗大，后肢上有粗糙鳞片，泄殖孔距离腹甲边缘较远；雌红面泥龟则相反，尾巴尖端无鳞片且较小，后肢上无粗糙鳞片，泄殖孔靠近腹甲边缘。