巨头蛇颈龟适宜深水养殖，但生长阶段对水位的要求不同。年幼时不喜欢高水位，浅水或斜坡养殖更合适；身长十几厘米后可用深水养，但水位不可高过背壳3倍高度。因为它们需要适当晒太阳，若水太深就无法浮到水面。