金边透红小丑鱼在产卵期间，雄鱼会紧跟着放出精子，交替至产卵结束。孵化过程中，小丑夫妇会交互以口吹或者是通过胸鳍、尾鳍来出去卵上的脏东西，使得鱼卵充分接触氧气。大约10天左右，就可以清楚的看到卵囊内的眼睛，10—14天即可孵出。孵出后的小丑鱼非常脆弱，需要离开父母，避开水流，但是坚持规律换水，pH及温度要稳定。喂食方面，可喂食轮虫、VG和年虾等。15天后，可以单喂丰年虾，一个月后，就可以喂食少量的蛤蜊肉。