密西西比麝香龟可通过以下方式分辨雌雄：1）体型：同龄母龟比公龟体型较大；2）尾巴：公龟尾巴长、粗；3）腹甲：公龟腹甲有凹陷，母龟没有；4）生殖孔：公龟生殖孔为方形，母龟为圆形，母龟生殖孔靠近腹甲。