三趾箱龟雌雄辨别：雌性虹膜、头顶斑点、前肢鳞片为淡黄色，雄性为红色或淡橘红色；雄性尾较长，雌性较短；雄性肛孔离腹甲后缘较远，雌性较近；雄性腹甲后部略凹陷，雌性平坦。