麝香龟是深水龟，但水位需要根据体型大小决定深浅。饲养时水位不可太深，尤其是对于幼龟而言。主人需要根据麝香龟的年龄增长，适当的调整饲养麝香龟的水位。在龟缸内设置晒背台，一般将水位加到能完全淹没麝香龟龟壳就可以了，但也需要保证麝香龟能够随时将头部伸出水面。每次喂食完毕后，需要及时捞出未吃完的残食，避免污染水质。另外，就算水质受到污染，也不能一次性换全部水，需要隔天换一半水。