存疑不起诉后，公务员可以保留公职。根据刑事诉讼法规定，经过两次补充侦查，若证据不足、事实不清，可以决定不起诉。但如果将来收集到足够证据，仍可提起公诉。存疑不起诉的情形包括证据存在疑问、犯罪构成要件缺乏证据等。注意，案件必须经过两次补充侦查且事实不清证据不足才能不起诉。这样的规定既能防止犯罪分子逍遥法外，又能保护公民的权益。无论是公务员还是普通职员，都需经过侦查后方可审查。法律分析；一、公务员存疑不起诉可以保留公职吗。公务员存疑不起诉可以保留公职，《人民刑事诉讼规则》第405条规定，人民根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。