生育医疗费和生育津贴主要的区别是，生育津贴是给女职工提供的工资保障她们的基本生活。生育医疗费则是报销生育过程中产生的医疗费用。一般情况下，生育医疗费用可以在办理出院时直接在医院结算窗口进行报销，但生育津贴需要去相关部门申请。