自由职业缴纳的公积金和在公司缴纳的公积金在福利待遇上是没有区别的，但是在缴纳时还是有一定差异的。个人自主缴存公积金只在某些地区可以，许多地区住房公积金管理中心还没出具个人自主缴存公积金。而单位缴存公积金具有普适性。