夫妻分居三年后可协议或诉讼离婚，协议离婚需双方签订协议书并向婚姻登记机关申请，离婚冷静期后再申请发放离婚证；诉讼离婚则需一方向提起诉讼，审理后如确定感情破裂且调解无效，则判决准予离婚。分居三年后，夫妻可以选择协议离婚或诉讼离婚。协议离婚是指双方协商一致，签订离婚协议书，向婚姻登记机关申请离婚登记。经过离婚冷静期后，再申请发放离婚证。诉讼离婚是指一方向提起离婚诉讼，经过审理后，如果能确定夫妻感情已经破裂，调解无效，则应当判决准予离婚。《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条第一款夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。