纳豆在冷藏（约5℃）条件下可保质14天左右；在冷冻（—18℃）条件下，可保存一年。因此，暂不食用的纳豆一定要放入冷冻室内保存，待食用前6—8小时，移至冷藏室解冻。切不可用微波炉解冻，以免纳豆菌失活。纳豆最常见的食用方法，就是将纳豆放入碗中，多次搅拌后纳豆会出现黏丝，然后根据个人口味加入调味料再次搅拌均匀后即可食用。常见的搭配有：酱油+葱花，酱油+芥末，蜂蜜等。调味好的纳豆可以搭配米饭，面条等一起食用。