农村土地承包经营权证的办理程序包括：承包方填写申请书，乡(镇)初审，县级以上审核，颁发承包经营权证。乡(镇)应在30个工作日内将证书发给承包方。法律分析；实行招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地的，按照下列程序办理农村土地承包经营权证。第一，土地承包合同生效后，承包方填写农村土地承包经营权登记申请书，报承包土地所在乡(镇)农村经营管理部门。第二，乡(镇)农村经营管理部门对发包方和承包方的资格、发包程序、承包期限、承包地用途等予以初审，并在农村土地承包经营权度证登记申请书上签署初审意见。第三，承包方持乡(镇)初审通过的农村土地承包经营权登记申请书，向县级以上申请农村承包经营权证登记。