擅自离职员工应按劳动合同约定赔偿单位损失，公司可扣除部分工资，但不得超过当月工资的20%；员工擅自离职公司不能不给工资，可协商离职手续并领取工资，如协商不成可投诉或申请劳动仲裁；公务员自动离职与被辞退有区别，辞职是主动离职手续，辞退是部门主动解除公务员职务，影响个人档案和再次报考。法律分析；一、擅自离职的员工怎么赔偿单位损失。擅自离职的员工不一定需要赔偿单位损失，如果给公司造成损失的，应按劳动合同的约定来赔偿，公司可以扣除其部分工资作为赔偿，但每月扣除的数额不得超过员工当月工资的百分之二十。二、员工擅自离职公司可以不给工资吗。