民事纠纷是可以通过司法所进行调解的，这是司法所的工作职责之一，司法所是我国最基层的司法机构。申请司法确认调解协议的，双方当事人应当本人或者由符合民事诉讼法第五十规定的代理人向调解组织所在地基层人民或者人民法庭提出申请。法律依据。《最高人民关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的解释》 第三百五十三条 申请司法确认调解协议的，双方当事人应当本人或者由符合民事诉讼法第五十规定的代理人向调解组织所在地基层人民或者人民法庭提出申请。